極限まで発達したインターネット世界。かつて、そこは『超構造体』に内蔵されたシステム（BIOS）上で起動する『統治局』（OS）が、正規アクセスする人間の要望を完璧に叶えていた理想世界だった。だが、破局が起こり人々はアクセス権を失い、『セーフガード』（ウイルスチェッカー）が容赦なく『駆除系』で不正規アクセス者を排除する、危険な世界へと変容してしまう。探索者・霧亥（キリイ）は『統治局』への再アクセスを可能にするために何千フロアも超構造体を放浪し、『感染前』の『ネット端末遺伝子』を求める。